资金来源主要是各级财政设立的农田水利建设专项资金（简称“专项资金”）和整合农业综合开发、土地整治、新增千亿斤粮食产生能力、小农水重点县、“一事一议”财政奖补和扶贫开发、烟水配套等项目资金（简称“项目资金”）。同时通过项目带动，财政专项补助，加大乡镇办本级投入，调动村集体、群众自筹资金和民间资本投入小型水利工程建设。